Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件

    # -*- coding: utf-8 -*-
    """
    Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015

    @author: chaofn
    """
    import os

    """
    这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件（一共有215个文件）
    批处理
    将pdb文件生成dssp文件

    """
    #listdir返回文件名的列表
    fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')
    #遍历整个列表
    for i in range(len(fileLine)-1):
      #将字符串用变量表示
      input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]
      #先去掉文件名的后缀，然后形成后缀为dssp的文件名
      out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'
      output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file
      #注意：参数的传递（先是%s，然后是%变量名），多个变量的传入要用元组表示，在元组前用%
      os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))